PROTEIN ENGINEERING

prof. Dr. Mgr. Jiří Damborský

E-mail: jiri.damborsky@fnusa.cz

Vychováváme lídry pro vědu i business!

Výzkumné zaměření

Výzkumná skupina se zaměřuje na proteinové a metabolické inženýrství pro biomedicínu. Věnuje se vývoji nových teoretických konceptů, softwarových nástrojů a lab-on-chip technologií pro proteinové inženýrství. Tyto nově vyvinuté nástroje pro design proteinů s vylepšenými vlastnostmi jsou využívány k biokatalýze, biodegradaci, biosensingu či pěstování a diferenciaci buněk. Na základě své práce publikovala skupina již více než 200 původních článků a 20 knižních kapitol, získala 7 mezinárodních patentů a založila biotechnologickou spin-off firmu Enantis s.r.o.
Bioinformatika – identifikace zajímavých genů v genomických databázích k molekulárnímu klonování a experimentální charakterizaci
Lab-on-chip technologie – vývoj mikrofluidních lab-on-chip technologií pro výzkum v biochemii a biomedicíně
Inženýrství degradačních drah – návrh a konstrukce bakteriálních kmenů, které exprimují nově sestavené biochemické dráhy
Stabilizace proteinů – počítačový design stabilizačních mutací
Mezinárodní spolupráce: ETH Zurich, Švýcarsko; Tohoku University, Katahira, Japonsko; University of Cambridge, Cambridge, Velká Británie; Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability (CFB), Copenhagen, Dánsko; Spanish National Research Council (CSIC), Madrid, Španělsko

Hlavní cíle

Počítačový design a inženýrství hyperstabilních proteinů
Zavádění nových teoretických konceptů pro proteinové inženýrství
Vývoj snadno ovladatelných softwarových nástrojů a mikrofluidních čipů

Technologické vybavení

Výpočetní klastr
Cirkulární dichroismus
Robot na sběr kolonií
Hardware a software pro počítačové modelování
Mikrofluidika
Pipetovací robot
Rapid quench flow systém
Stopped flow kinetický systém

Členové týmu:

prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. – Principal Investigator
Mgr. David Bednář, Ph.D. – Senior IT Specialist
Ing. Simeon Borko – Application Developer
Mgr. Martina Damborská – Research Coordinator
prof. Dr. Mgr. Jiří Damborský – Senior Research Team Leader
Saltuk Mustafa Eyrilmez, Ph.D. – Postdoctoral Researcher
Irena Halíková – Lab Technician
Ing. Tomáš Henek – Junior Researcher
prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D. – Senior Postdoctoral Researcher
Petr Kabourek – Senior Application Developer
Mgr. David Kovář, Ph.D. – Senior IT Specialist
Mgr. Josef Kučera, Ph.D. – Postdoctoral Researcher
Ing. Dávid Lacko – Application Developer
Ing. Marika Majerová– Lab Technician
RNDr. Ing. Martin Marek, Ph.D., MBA – Postdoctoral Researcher
Sérgio Manuel Marques, Ph.D. – Postdoctoral Researcher, Research Specialist
Stanislav Mazurenko, Ph.D. – Senior Postdoctoral Researcher
MUDr, Jan Mičan – Research Specialist
Ing. Miloš Musil, Ph.D. – Application Developer
Mgr. Šárka Nevolová, Ph.D. – Research Coordinator
Joan Planas Iglesias, Ph.D. – Senior Application Developer
Ing. Monika Rosinská – Application Developer
Mgr. Karolina Sedláčková – Lab Specialist
Mgr. Adam Paulin Urminský – Ph.D. Student
Mgr. Pavel Vaňáček, Ph.D. – Postdoctoral Researcher
Mgr. Michal Vašina, Ph.D. – Junior Researcher
Naina Verma, MSc – Ph.D. Student

Asistentka:

Mgr. Martina Damborská

Research Coordinator

martina.damborska@fnusa.cz

Vybrané publikace

Stabilizace růstových faktorů pro výzkum kmenových buněk

Patentovaná technologie pro stabilizaci proteinů

Software CAVER, CAVER WEB, CAVERDOCK, CALFITTER, HOTSPOT WIZARD a PREDICTSNP pro design proteinů a predikci vlivu mutací na lidské zdraví

TOUL, M., NIKITIN, D., MAREK, M., DAMBORSKY, J., PROKOP, Z. Extended mechanism of the plasminogen activator staphylokinase revealed by global kinetic analysis: 1000-fold higher catalytic activity than that of clinically used alteplase. 2022. ACS Catalysis 12: 3807-3814.

ŠTOURAČ, J., VÁVRA, O., KOKKONEN, P., FILIPOVIČ, J., PINTO, G., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J., BEDNÁŘ, D. Caver Web 1.0: Identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. 2019. Nucleic Acid Research: gkz378.

KOKKONEN, P., SÝKORA, J., PROKOP, Z., GHOSE, A., BEDNÁŘ, D., AMARO, M., BEERENS, K., BIDMANOVÁ, S., SLÁNSKÁ, M., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J., HOF, M. Molecular gating of an engineered enzyme captured in real time. 2018. Journal of the American Chemical Society 140: 17999–18008.

MUSIL, M., ŠTOURAČ, J., BENDL, J., BREZOVSKÝ, J., PROKOP, Z., ZENDULKA, J., MARTÍNEK, T., BEDNÁŘ, D., DAMBORSKÝ, J. FireProt: Web server for automated design of thermostable proteins. 2017. Nucleic Acids Research 45: W393-W399.

LIŠKOVÁ, V., ŠTĚPÁNKOVÁ, V., BEDNÁŘ, D., BREZOVSKÝ, J., PROKOP, Z., CHALOUPKOVÁ, R., DAMBORSKÝ, J. Different structural origins of the enantioselectivity of haloalkane dehalogenases toward linear β-haloalkanes: Open–solvated versus occluded–desolvated active sites. 2017. Angewandte Chemie International Edition 56: 4719-4723.

BENDL, J., ŠTOURAČ, J., ŠEBESTOVÁ, E., VÁVRA, O., MUSIL, M., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J. HotSpot Wizard 2.0: automated design of site-specific mutations and smart libraries in protein engineering. Nucleic Acids Research 2016, 44(W1): W479-487.

SÝKORA, J., BREZOVSKÝ, J., KOUDELÁKOVÁ, T., LAHODA, M., FORTOVÁ, A., CHERNOVETS, T., CHALOUPKOVÁ, R., ŠTĚPÁNKOVÁ, V., PROKOP, Z., KUTÁ SMATANOVÁ, I., HOF, M., DAMBORSKÝ, J. Dynamics and hydration explain failed functional transformation in dehalogenase design. Nature Chemical Biology. 2014, 10(6), 428–430.

PROTEIN ENGINEERING

prof. Dr. Mgr. Jiří Damborský

Vychováváme lídry pro vědu i business!

Členové týmu:

Asistentka:

Vybrané publikace

kontakt