Nový software vyvinutý našimi vědci

Loschmidtovy laboratoře oznámily novou verzi pluginu CAVER PyMOL. Na tomto výsledku se podíleli bioinformatici z výzkumného týmu Proteinové inženýrství FNUSA-ICRC.

CAVER je speciální software užívaný pro analýzu a vizualizaci tunelů a kanálů v proteinových strukturách. Tunely jsou prázdné cesty vedoucí z dutiny v proteinovém jádru do okolního prostředí. Na rozdíl od tunelů vedou kanály proteinovou strukturou a jejich oba konce jsou otevřeny okolí. Studium těchto cest je velmi důležité pro vývoj nových léčiv a molekulární enzymologii. Jde o velmi populární software, který má již více než sto jedenáct tisíc stažení.

„Nová verze pluginu je nyní kompatibilní i s poslední verzí PyMOL 3.0,“ potvrdil Jiří Damborský. „Má hned několik vylepšení pro jednodušší instalaci a příjemnější uživatelské prostředí. Snadná použitelnost a uživatelská přívětivost nové vyvíjeného softwaru je pro nás klíčová. Softwarové nástroje vyvíjíme a poskytujeme odborné komunitě v rámci projektu ELIXIR.“